現代において「みかん」は、通常ウンシュウミカンを指す[4][5]:21。和名ウンシュウミカンの名称は、温州（三国志演義中などで蜜柑の産地とされる中国浙江省の温州市）から入った種子を日本で蒔いてできた品種であるとの俗説があることに由来する[6]が、本種の原産地は日本の薩摩地方（現在の鹿児島県）の長島であると考えられており、温州から伝来したというわけではない。ウンシュウミカンの名は江戸時代の後半に名付けられた[7]が、九州では古くは仲島ミカンと呼ばれていた。2010年代に行われた遺伝研究により、母系種は小ミカン、父系種はクネンボと明らかになっている[7][8]。
